原因：

Windows下默认使用的是GB2312编码，Linux默认使用的是UTF-8。 所以在Windows下产生的代码是GB2312编码，在Linux下当然识别为乱码 ； 反之，同理乱码 。

解决方法：

1、直接对文件编码格式的转码，需要不断使用命令

使用linux下的iconv 命令改变文件的编码：

test1.m由GB2312转换成UTF-8（windows下matlab的代码在linux下运行）

  iconv　 -f 　GB2312　 -t　 UTF-8　 test1.m　 -o 　test1.m    

test2.m由UTF-8转换成GB2312（linux下matlab的代码在windows下运行）

  iconv　-f　 UTF-8　 -t　 GB2312 　test2.m　 -o 　test2.m

如果文件过多，要进行批处理，可用如下编写的shell脚本批量转换编码。（脚本来自linux公社，点击我立刻下载）

使用方法： 将该脚本放在需要进行转换的文件夹中, 执行脚本，可以将当前目录和其子目录下的所有文件转换成指定的编码方法 。

执行如下：

由GB2312转换成UTF-8

  ./convertMatlab.sh　  win

由UTF-8转换成GB2312

  ./convertMatlab.sh　 linux

提示： 普通用户没有执行权限，需要用chmod +x convertMatlab.sh 增加执行权限

附：Shell脚本（convertMatlab.sh）

#!/bin/bash
# 功能：将GB2312文件 转换成 UTF-8【解决Windows文件复制到Linux之后乱码问题】
#read -p "Input Path:" SPATH
SPATH="."
#echo $SPATH
POSTFIX="m"
param1="$1"
if [ "$param1" == "win" ];then
   sys1="Linux"
   sys2="Windows"
   format1="UTF-8"
   format2="GB2312"
elif [ "$param1" == "linux" ];then
   sys1="Windows"
   sys2="Linux"
   format1="GB2312"
   format2="UTF-8"
else
   echo "************** 功能 ************"
   echo "  解决matlab脚本文件在Windows和Linux中移动时出现的乱码问题！"
   echo "  将该脚本复制到程序文件夹中，运行该脚本，它会对当前文件夹及子文件夹中的所有*.m文件进行格式转换，解决乱码问题。"
   echo "  转换到 Linux 的命令: $0 linux"
   echo "  转换到 Window的命令: $0 win"
   exit
fi

echo "********************************"
echo "  格式转换中......"
echo "  从"$sys1"("$format1") 转换到 "$sys2"("$format2")"
echo "********************************"

FILELIST(){
filelist=`ls $SPATH `
for filename in $filelist; do
    if [ -f $filename ];then
        #echo File:$filename
        #echo "${filename#*.}"
        EXTENSION="${filename#*.}"
        #echo $EXTENSION
        if [ "$EXTENSION" == "$POSTFIX" ];then
           #echo "${filename%%.*}"
           echo Processing: $filename
           iconv -f $format1 -t $format2 $filename -o $filename
           #iconv -f GB2312 -t UTF-8 $filename -o $filename
        fi

    elif [ -d $filename ];then
        cd $filename
        SPATH=`pwd`
        #echo $SPATH
        FILELIST
        cd ..
    else
        echo "$SPATH/$filename is not a common file."
    fi
done
}
cd $SPATH
FILELIST
echo "======== Convert Done. ========"
1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162

2、设置编辑器的编码方式，一步到位（但也取决于你的编辑器或者IDE）

VIM：

用editplus时，用“另存为…”保存文件时，可以手工选择编码类型：ANSI、Unicode、UTF-8等。在用VIM时如何设置文件的编码类型呢。在vim中，缺省情况下都会按ANSI方式保存，有时我们用vim编写一些jsp文件时，一不小心，就容易犯错误了，因为在我们的开发团队中，是统一使用utf-8编码的，如果用ansi方式保存了，在网页的显示时就会出现乱码问题。
　　所以如果不清楚自己的缺省编码设置，可以手工输入设置命令：
　　:set fileencoding=utf-8
　　然后再保存就行了：
　　:w
　　这样无论之前的编码是什么，都会转换成utf-8保存。
　　如果希望缺省保存方式就是utf-8，就需要在_vimrc中加入以下设置：
　　set encoding=utf-8
　　set fileencoding=utf-8
　　set fileencodings=ucs-bom,utf-8,chinese
　　把这三行放在_vimrc的最开始的位置比较好。

参考：http://www.wangchao.net.cn/bbsdetail_1631847.html
           关于vim中编码的细节问题，推荐另一篇文章，原文地址：http://edyfox.codecarver.org/html/vim_fileencodings_detection.html

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